Le secrétariat général de l’ENA est chargé de la gestion opérationnelle de l'établissement. A ce titre, il exécute et met en œuvre les décisions prises par le directeur général.

Ses principaux champs d'intervention concernent les domaines de la gestion des étudiants et des enseignements, la gestion financière (élaboration du budget, répartition des moyens), la gestion des ressources humaines et du patrimoine (constructions et maintenance). Il anime et coordonne les services, pilote les actions innovantes d'amélioration et de modernisation de la gestion.

De manière générale, le secrétariat général veille au respect des processus de gouvernance et à l'application des politiques et règlements en vigueur à l’ENA.